El Patio de Santo Tomás de Villanueva o del Colegio Mayor de San Ildefonso
El Patio de Santo Tomás de Villanueva o del Colegio Mayor de San Ildefonso es el más majestuoso de los claustros complutenses. Patio herreriano, de aquel barroco madrileño que recogió la herencia de El Escorial.
En un principio, Cisneros mandó edificar su colegio en Alcalá de Henares de ladrillo y madera con un patio del Colegio Mayor de dos pisos y de los mismos materiales. Cuando el rey de Aragón, Fernando el Católico, visitó la Universidad se burló de la austeridad del edificio cisneriano. El Cardenal contestó al monarca: «otros harán en piedra lo que yo he hecho en barro». Con el tiempo, la profecía se cumplió tanto en la fachada como en este patio. Bajo cada una de las pirámides emboladas de la balaustrada superior hay una letra. Uniéndolas podemos leer: «EN LUTEAM OLIM CELEBRA MARMOREAM» (antes en barro, ahora en mármol). Pero aún más, si unimos el final de la última palabra con la primera, forman la expresión AMÉN.
El patio actual fue diseñado en 1618 por uno de los más grandes arquitectos que ha dado España, Juan Gómez de Mora, autor en Madrid de las trazas de la Plaza Mayor y del Ayuntamiento y en Alcalá de Henares del Monasterio de las Bernardas y del Colegio de Málaga. El patio se dispone en tres pisos, siendo los dos primeros de orden toscano y arcos de medio punto, mientras que el tercero es de orden compuesto con arcos rebajados. Sobre ellos, corre un friso donde aparecen unas letras que hacen referencia a José Sopeña, arquitecto que concluye las obras en 1662. El conjunto se remata mediante balaustrada con pináculos embolados al gusto herreriano. En consecuencia, tenemos una gradación en las alturas que evita que se dispare la perspectiva. La obra está inspirada en el Coliseo y en el Teatro Marcelo, de Roma. El pozo y algunos pedestales de las columnas están decorados con cisnes, motivo de la heráldica parlante que recuerda al apellido del fundador. Además, el pozo del patio de Santo Tomás fue el protagonista de una simpática costumbre de los estudiantes. Se dice que los alumnos del Colegio Mayor dejaban crecer la hierba a su alrededor con la intención de dejar claro que en Alcalá de Henares, a diferencia de Salamanca, podía crecer la hierba porque nunca entraban burros.
Observando los bajorrelieves superiores, obras de Francisco de la Dehesa, observamos la figura de uno de los primeros alumnos que se matriculó en esta Universidad en el año 1508, fecha de inicio del primer curso. Se trata de Santo Tomás de Villanueva, primer alumno canonizado del Colegio Mayor. Fue conocido por sus contemporáneos como el «obispo limosnero», por lo que le vemos representado dando limosna, vestido de colegial con manto, beca y a su derecha el bonete. A su lado aparece la mitra como Arzobispo de Valencia.
Frente a él, una alegoría de Cisneros tal y como pudo desembarcar en la conquista de Orán: deteniendo el sol en la batalla. Aparece ante nosotros vestido e franciscano, con la cruz de la Fe y la evangelización en una mano y la bengala o bastón de mando en la otra. No hay que olvidar que en él se unió el poder eclesiástico (Cardenal y Primado de España) y el poder civil (Regente de Castilla).
Los otros dos bajorrelieves representan escudos de Cisneros muy decorados, que fueron y siguen siendo el símbolo de la Universidad.