El terreno se sitúa en parte del que fue el antiguo aeródromo de Alcalá de Henares. La renovación de esta zona ha supuesto también el establecimiento espontáneo y confiado de importantes poblaciones de la fauna del entorno silvestre, hasta ahora mucho más alejadas del núcleo urbano: liebres, conejos, perdices, zorros y numerosas aves propias de la campiña a las que, por el efecto de llamada del nuevo lago del jardín botánico, se han sumado, en los últimos, años anfibios y aves singulares propias de zonas húmedas (garza y ánade real, martín pescador, focha, zampullín, garcetas, carriceros…).

En el Jardín Botánico se conservan colecciones de casi 8000 especies diferentes de plantas, con cuatro objetivos principales: investigación científica, conservación de la flora, divulgación botánica y medioambiental y establecimiento de un recinto de recreo y acercamiento a la naturaleza.

El jardín desarrolla un amplio programa de actividades didácticas pensadas para todos los públicos: paseos del mes, actividades para colegios, visitas guiadas, etc.