El emperador Carlos y Alcalá de Henares
La relación entre el emperador Carlos y Alcalá de Henares fue un fiel reflejo de la relación del rey y emperador con el país que vino a reinar. Desde el principio, los nobles de Castilla vieron con recelo al nuevo rey Carlos I. Su educación flamenca y el hecho de que no supiera hablar castellano fueron motivos suficientes para que se le viera como unapersona ajena al reino. Lo que más dolió fue que el joven monarca se rodeó de extranjeros en los puestos de confianza. En cambio, el complutense Fernando, hermano del rey, representaba todo lo contrario. La nobleza de Castilla no ocultó su predilección por Fernando, provocando que el señor de Chiévres, consejero del rey, le enviara a Flandes. Además, este mismo consejero consigue para su sobrino, Guillermo de Croy, el cargo de Arzobispo de Toledo (1518-1521). El joven primado nunca llegó a pisar España y lo único que hizo por su ciudad, Alcalá de Henares, fue apoyar la creación de un obispado complutense. El papa León X propuso la división de la diócesis de Toledo con la creación de dos nuevos obispados, honor que compartieron Alcalá de Henares y Talavera de la Reina, y que nunca se llegó a realizar.
Con la muerte de Maximiliano I en 1519, el rey Carlos I consigue la sucesión al título de emperador, saqueando para su coronación los tesoros de Castilla. Alcalá de Henares ya había sufrido un gran expolio tras la muerte del Cardenal Cisneros. Su fortuna fue heredada por la Universidad y se guardaba en el castillo de Uceda. El rey mandó a Hernán Gómez con poderes para incautar los bienes universitarios dando a cambio pequeñas compensaciones, que muchas veces se convirtieron en papel mojado. En este ambiente de crispación surgió la rebelión comunera (1520-1521). La Universidad reflejó la rivalidad surgida en Castilla en la formación de dos grupos que lucharon por el poder universitario: por un lado, los realistas, conocidos como andaluces y, por el otro, los castellanos o Comuneros. El obispo de Zamora, Antonio Acuña, se autoproclama Arzobispo de Toledo, convirtiéndose en el último prelado que contó con un ejercito en Castilla. Entró en Alcalá de Henares con sus tropas el 7 de marzo de 1521 y fue aclamado por la población. Tras la batalla de Villalar (23 de abril de 1521), Alcalá de Henares se rindió sin resistencia a las tropas reales del duque del Infantado. El Arzobispo de Toledo, Guillermo de Croy, murió a consecuencia de una caída del caballo en 1521 y el intruso Antonio Acuña fur ejecutado en el castillo de Simancas, donde fue expuesta públicamente su cabeza.
Tras años de permanecer vacante la sede toledana, fue proclamado arzobispo un gran mecenas, Alonso de Fonseca (1524-1534). Fue hijo natural del arzobispo de Santiago, cargo en el que sustituyó a su padre hasta su nombramiento como primado de Toledo. También fue sobrino del obispo de Burgos, Rodríguez de Fonseca. Su educación en un ambiente cortesano le llevó a ser lo que bien podríamos llamar «el Médicis» del renacimiento español. En Alcalá de Henares realizó una importante labor de enriquecimiento del patrimonio complutense: su residencia, el Palacio Arzobispal, fue reformada por uno de los más grandes arquitectos del momento, Alonso de Covarrubias, convirtiéndose en uno de los más bellos de España. Como difusor de la cultura, hay que destacar su protección a la obra erasmista de la universidad de Cisneros. El espíritu de Erasmo triunfó más en España que en ningún otro lugar y su punto de difusión fue la Universidad de Alcalá de Henares. Se ha llegado a decir que, aunque Erasmo era holandés, el erasmismo fue español. Fonseca y Carlos V se consideraron admiradores y amigos del holandés y también intentaron, como Cisneros tiempo atrás, traerlo como profesor, pese a que él siempre se manifestó partidario de trabajar sólo en su tierra natal.
Una muestra del gran esplendor del que gozaron los estudios complutenses fue la visita del rey de Francia Francisco I que, tras ser capturado en la batalla de Pavía (1525), fue recibido con todos los honores en Alcalá de Henares, residiendo en el Palacio Arzobispal. Durante su estancia asistió en el Paraninfo a una ceremonia de graduación en Teología. Más tarde, recorrió todas las aulas, quedando sorprendido y manifestando que él no se hubiera atrevido a realizar una obra de esta magnitud por temor a no verla concluida. Además, destacó el valor de la fundación del Cardenal Cisneros, a la que comparó con la Sorbona de París, de la que señaló que mucho trabajo y esfuerzo había costado a generaciones de reyes de Francia.
El gran poder que Cisneros dio en sus constituciones al rector acabó en un enfrentamiento entre la diócesis de Toledo y la Universidad, envite que enfría las relaciones entre ambas instituciones y del que el arzobispado no llegó a alcanzar ningún beneficio. En este ambiente universitario, llegó en 1526 a Alcalá de Henares un hombre excepcional: San Ignacio de Loyola. La Inquisición, por contra, le vio con recelo, abriéndole tres procesos inquisitoriales de los que salió absuelto, aunque éste fue motivo suficiente para irse de nuestra ciudad.
En 1534, muere en Alcalá de Henares Alonso de Fonseca; le sustituyó en la mitra toledana un digno sucesor: el arzobispo Juan Tavera (1534-1545). Vivirá una época de esplendor artístico en Toledo. En Alcalá de Henares terminará las obras del Palacio Arzobispal, siendo durante su episcopado cuando se levantó la fachada de la Universidad, obra de Rodrigo Gil de Hontañón. En 1534, Carlos V visitó la ciudad y al oír misa en la iglesia Magistral se le preparó especialmente un sitial regio. El emperador, con humildad, pidió sentarse en el coro del cabildo junto a los profesores de Teología de la Universidad. La admiración y cariño que Carlos V tuvo por la institución cisneriana se demostró en las Cortes de Madrid de 1534, cuando al emperador le sugirieron que en sus dominios había demasiados estudios y le propusieron la exención de tributos sólo para Salamanca, Valladolid y el Colegio de Bolonia, ante lo que exclamó: «también Alcalá».
Carlos V favoreció la llegada de Juan Martínez Silicio al arzobispado de Toledo (1546-1557). Se trataba, como Cisneros, de un hombre de familia humilde que consiguió llegar a un gran puesto de poder. Durante su episcopado hay que destacar el nacimiento del complutense más ilustre. Gracias a que tiempo atrás el Cardenal Cisneros mandó hacer registros eclesiásticos en las parroquias alcalaínas, sabemos que en la hoy destruida iglesia de Santa María fue bautizado el 9 de octubre de 1547 un niño de nombre Miguel de Cervantes, hijo de Rodrigo y Leonor.
Con Silicio se inició un período de mediocridad artística entre los arzobispos de Toledo. Pese a todo, la Universidad siguió creciendo y se edificaron colegios y conventos alrededor del Mayor de San Ildefonso y, lo más importante, se formaron los grandes hombres de la época.
El emperador Carlos V abdicó en 1556 y le sucederá en el trono de España su hijo Felipe II. Su hermano, el alcalaíno Fernando I, tomará posesión de los reinos centroeuropeos, llegando a ser Emperador entre los años 1558 y 1564.
