Conocido como el de teólogos, pese a que se estudiaba también medicina, fue uno de los más prestigiosos de Alcalá. Como prueba de ello, baste decir que salieron de él 40 obispos y 20 médicos reales, siendo el más conocido Francisco Vallés, llamado por sus contemporáneos «el Divino».
El edificio presenta la característica arquitectura de los colegios del S. XVI. La fachada se encuentra enmarcada por dos torreones, uno de ellos compartido con el vecino colegio de San Jerónimo o Trilingüe. En el interior se conserva la crujía de un patio con columnas. El actual salón de actos formó parte del conjunto del Paraninfo. Está cubierto con una notable techumbre de madera que fue dividida mediante una mampara de aluminio y cristal tras la última restauración.
Es famoso porque en este colegio se otorgó la Fe de Erratas de la primera parte de El Quijote.
El 13 de marzo de 1779 Carlos III fusiona las fundaciones cisnerianas en un solo colegio con el nombre de la Inmaculada Concepción, independiente del de San Ildefonso, que dura hasta el año 1815. Tras la compra por la Sociedad de Condueños, el edificio pasó a ser Cuartel de la Guardia Civil hasta el año 1983. En la actualidad es sede del Ilustre Colegio de Abogados de Alcalá de Henares.
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