Fundada por Juan Castillejo en 1650, sobre un solar próximo al antiguo cementerio judío, fue encomendada a la Hermandad de Labradores. El templo sólo se abría el día 15 de mayo, festividad del santo patrono, fecha en la que se celebraba una romería en las eras de su entorno.
Tras el crecimiento urbano de Alcalá durante la segunda mitad del siglo XX, el edificio quedó rodeado de bloques de viviendas, pasando, en 1967, a ser parroquia del nuevo barrio.
La iglesia tiene planta de cruz griega, con la característica construcción de ladrillo y cajones de tapial. El acceso se realiza a través de un nártex cerrado por tres arcos. El interior sigue la tónica habitual de la arquitectura complutense del S. XVII con una sola nave rematada en cúpula sobre crucero. En definitiva, un edificio sencillo pero armonioso que, tanto por su buena restauración como por el agradable parque público que lo rodea, se ha convertido en el punto de referencia de esta nueva zona de Alcalá de Henares.
En el interior destaca el retablo fingido, pintura al fresco que sustituye al original destruido durante la francesada. Obra de Manuel Laredo, autor del cercano Palacio Laredo, está fechado y firmado en 1885. Representa, en audaz perspectiva, una prolongación ideal de la arquitectura de la capilla como si ésta se rematara en ábside semicircular. En el centro del espacio virtual, un tabernáculo cubierto por cupulín elíptico, todo ello imitando mármoles y jaspes y bajo él la Inmaculada Concepción. En los laterales de la composición, figuras de San Antonio Abad y Santa Bárbara.
En las antiguas eras de San Isidro, junto a la ermita, tras su traslado desde la plaza de Cervantes, se celebraron hasta la segunda mitad de los años 80 del siglo pasado las ferias de Alcalá de Henares, convertidas en un mercado de ganado, el “peaje.
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