La Ermita Universitaria del Santísimo Cristo de los Doctrinos, monumento nacional desde 1942, es un bello ejemplo de arquitectura popular del más puro estilo barroco castellano.
La leyenda sitúa el origen de esta institución en el año de 1255 cuando, durante unas obras de reparación de la muralla, apareció la figura de un Cristo Crucificado de pequeño tamaño. Por este motivo se erigió en este lugar una pequeña ermita, que luego fue reedificada a principios del siglo XVII. La ermita de los Doctrinos está considerada tradicionalmente como cuna de dos de las órdenes religiosas más importantes de nuestro Siglo de Oro: los jesuitas y los calasancios. No podemos afirmar con plena certeza que en ella viviera San Ignacio de Loyola durante sus tiempos de estudiante de Alcalá, pero sí que en el patio trasero de la ermita, el llamado Corral de Mataperros, fuera el lugar donde se instaló provisionalmente el primer Colegio de la Compañía. Otro tanto sucede con San José de Calasanz: no hay constancia de su presencia, no sólo en este lugar sino que incluso en la propia ciudad de Alcalá, a pesar de que la tradición afirma todo lo contrario.
En 1581, el licenciado López de Ubeda funda un seminario para la enseñanza de la doctrina cristiana a los niños. Estos se sentaban en dos larguísimos bancos de madera, con respaldo y asiento de una sola pieza, de los que actualmente sólo se conserva uno. En 1661 se funda la Cofradía del Cristo de los Doctrinos, una de las más antiguas y, sobre todo, una de las que más fervor popular han levantado en la ciudad del Henares.
Exteriormente el edificio, situado al final de la calle de los Colegios, es de aspecto sobrio, aunque formando un conjunto armonioso con la vecina plaza de los Doctrinos. Tan sólo destacar los dos escudos de Cisneros sobre la puerta y el gracioso reloj de sol, que con la inscripción “HOMO VELUT UMBRA FUGIT» nos invita a meditar sobre la fugacidad de la vida. La pequeña y sobria capilla está presidida por la majestuosa talla del Cristo de los Doctrinos. Obra del jesuita Domingo Beltrán, está labrado en madera americana de satín con el cabello en ébano. Terminado en 1590, constituye un buen ejemplo de la imaginería renacentista por su serenidad e idealizado estudio anatómico. Es también llamado Cristo Universitario porque a él se encomendaban los estudiantes en época de exámenes. También en el presbiterio, empotrado en el muro, encontramos el sepulcro renacentista de doña Catalina de Gamboa y Mendoza, con figura en posición orante labrada en alabastro. La lápida afirma que murió virgen a la edad de 13 años, no correspondiendo la figura con esta descripción, por lo que seguramente hubo en algún momento un cambio de escultura, posiblemente por una similar pero decapitada que se conserva en el patio y que por su tamaño y forma es más acorde con la descripción anteriormente citada.
El presbiterio se completa con varios relicarios, entre los que destacamos un Lignum Crucis, y se cierra con una buena reja fechada en 1702. La sacristía es un variado museo de gran encanto, entre cuyas piezas habría que destacar un bajorrelieve de Cisneros del S. XVI, dos bustos de los Santos Niños del S. XVII y un crucificado de madera, de estilo gótico popular del S. XIV. En pintura, varios lienzos de desigual valor, entre los que resalta una Mater Amabilis, pintada al estilo de Sasoffeato, y dos cuadros de los Santos Niños del S. XVII. En cuanto a los objetos propios de la Cofradía merecen especial mención el cetro del prioste y el cántaro de madera que se utilizaba para elegir a su máxima autoridad. El sistema a tal efecto consistía en que los nombres de cuatro candidatos se anotaban en papelillos que, a su vez, se envolvían en bolas de cera y se introducían en el cántaro. Entonces el sacerdote que oficiaba la misa tomaba un pincho de hierro mediante el cual ensartaba una de las bolas, siendo el nombre contenido en la misma el del nuevo prioste.
El patio de la ermita se conoció como Corral de Mataperros, al parecer denominado de esta manera porque en este lugar se enterraba a los que morían fuera de la Iglesia: suicidas, ajusticiados y accidentados. Sabemos que en este lugar vivían mendigos y estudiantes pobres y como ya hemos citado aquí tuvo sus origen la orden jesuita. Recientemente ha sido convertido en un evocador jardín decorado por cuatro quimeras aladas, procedentes del Palacio Arzobispal, y una escultura de San Diego de Alcalá, regalo del alcalde de la ciudad norteamericana de San Diego de California.
La capilla es fácilmente visitable pues abre al culto todos los días en horas de luz solar.
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