En el año 1549 llegó a ser Colegio Mayor. El actual Colegio San Pedro y San Pablo fue fundado para la formación en Teología y Artes de 13 frailes franciscanos. El nombre procede de la intención del Papa León X de cambiar al Cardenal Cisneros su iglesia de Santa Balbina en Roma por la más distinguida de San Pedro y San Pablo. De esta fundación salieron 30 obispos, un arzobispo electo de Toledo y seis generales de la orden franciscana.
El Colegio de San Pedro y San Pablo posee un bello claustro renacentista con arcos que apoyan sobre columnas toscanas. Se alinea en torno a otros dos sencillos patios de ladrillo y cuenta con una interesante escalera imperial, cubierta por bóveda encamonada y levantada sobre arcos. La fachada nos recuerda cómo pudo ser la primitiva del Colegio Mayor de San Ildefonso: de ladrillo, con portada de piedra y balcón de hierro. El torreón de la esquina sirvió para dar un cierre espectacular a la plaza de San Diego.
Tras la desamortización de Mendizábal, el edificio pasó a ser, gracias a la cesión de los Condueños de Alcalá de Henares, Colegio de Escolapios y más tarde Instituto de Bachillerato. En la actualidad, en él se ubican diferentes departamentos de la Universidad de Alcalá de Henares.
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